| Authors: |
Cheng H, Zhang Z Y, Han H, Wei R, Zhao W, Sun Y C, Xu B B, Hou X L, Wang J L, He Y Q, Fu Y, Wang Q S, Pan Y C, Zhang Z, Wang Z
(Contact: wangzhen20@zju.edu.cn) |
| Affiliation: |
College of Animal Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China; Key Laboratory of Livestock and Poultry Resources Evaluation and Utilization, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Hangzhou 310058, China |
| Title: |
Cross-ancestry meta-genome-wide association studies provide insights to the understanding of semen traits in pigs |
| Journal: |
Animal : An International Journal Of Animal Bioscience, 18(11): 101331 (2024) |
DOI:
10.1016/j.animal.2024.101331  |
| Links: |
PubMed | Abstract
|
( Related study: none ) |
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Number of QTL/association reported by traits:
- QTL for Sperm concentration reported for chromosome(s):
Chr.1: Asso:301797, Asso:301800. Chr.3: Asso:301994. Chr.4: Asso:301854. Chr.6: Asso:301610. Chr.9: Asso:301906. Chr.10: Asso:301815. Chr.12: Asso:301961. Chr.13: Asso:301792. Chr.14: Asso:301798, Asso:301801, Asso:301813, Asso:301899, Asso:301933, Asso:301977. Chr.16: Asso:301940. Chr.17: Asso:301776.
- QTL for Sperm progressive motility reported for chromosome(s):
Chr.1: Asso:301616, Asso:301618, Asso:301623, Asso:301626, Asso:301636, Asso:301637, Asso:301645, Asso:301649, Asso:301653, Asso:301659, Asso:301666, Asso:301668, Asso:301672, Asso:301676, Asso:301832, Asso:301834, Asso:301837, Asso:301915, Asso:301936, Asso:301937, Asso:301965, Asso:301988, Asso:301989, Asso:301998. Chr.2: Asso:301617, Asso:301621, Asso:301647, Asso:301658, Asso:301674, Asso:301825, Asso:301826, Asso:301859, Asso:301910. Chr.3: Asso:301785, Asso:301795, Asso:301816, Asso:301839, Asso:301893, Asso:301894, Asso:301920, Asso:301987, Asso:301992, Asso:301993. Chr.4: Asso:301810, Asso:301840. Chr.5: Asso:301635, Asso:301642, Asso:301652, Asso:301663, Asso:301806, Asso:301807, Asso:301856, Asso:301888, Asso:301891, Asso:301949, Asso:301972, Asso:302006. Chr.6: Asso:301613, Asso:301624, Asso:301633, Asso:301654, Asso:301655, Asso:301774, Asso:301866, Asso:301874. Chr.7: Asso:301651, Asso:301664, Asso:301882, Asso:301887, Asso:301932, Asso:301952, Asso:301954, Asso:301955, Asso:301999. Chr.8: Asso:301614, Asso:301619, Asso:301638, Asso:301641, Asso:301673, Asso:301818, Asso:301869, Asso:301870, Asso:301872, Asso:301957, Asso:301995. Chr.9: Asso:301612, Asso:301620, Asso:301629, Asso:301632, Asso:301639. Chr.10: Asso:301625, Asso:301656, Asso:301665, Asso:301782, Asso:301783. Chr.11: Asso:301675, Asso:301803. Chr.12: Asso:301960. Chr.13: Asso:301615, Asso:301622, Asso:301630, Asso:301631, Asso:301643, Asso:301644, Asso:301646, Asso:301648, Asso:301650, Asso:301660, Asso:301905, Asso:301979. Chr.14: Asso:301627, Asso:301634, Asso:301640, Asso:301661, Asso:301671, Asso:301821, Asso:301822, Asso:301885, Asso:301921, Asso:302000. Chr.15: Asso:301667, Asso:301670, Asso:301778, Asso:301842, Asso:301901, Asso:301911, Asso:301912, Asso:301929, Asso:301942, Asso:301943, Asso:301969. Chr.16: Asso:301611, Asso:301628, Asso:301657, Asso:301662. Chr.17: Asso:301669, Asso:301919, Asso:301945. Chr.18: Asso:301867.
- QTL for Number of functional sperm reported for chromosome(s):
Chr.1: Asso:301678, Asso:301682, Asso:301687, Asso:301715, Asso:301716, Asso:301718, Asso:301726, Asso:301731, Asso:301732, Asso:301734, Asso:301742, Asso:301747, Asso:301757, Asso:301771, Asso:301780, Asso:301787, Asso:301796, Asso:301804, Asso:301805, Asso:301819, Asso:301820, Asso:301833, Asso:301835, Asso:301836, Asso:301838, Asso:301851, Asso:301853, Asso:301858, Asso:301861, Asso:301898, Asso:301916, Asso:301917, Asso:301934, Asso:301935, Asso:301967, Asso:301968, Asso:301990, Asso:301991, Asso:301996. Chr.2: Asso:301677, Asso:301685, Asso:301689, Asso:301696, Asso:301709, Asso:301730, Asso:301740, Asso:301748, Asso:301755, Asso:301779, Asso:301784, Asso:301791, Asso:301794, Asso:301827, Asso:301828, Asso:301864, Asso:301873, Asso:301895, Asso:301897, Asso:301975, Asso:301976, Asso:302003. Chr.3: Asso:301736, Asso:301767, Asso:301877, Asso:301878, Asso:301896, Asso:301914, Asso:301971, Asso:301997. Chr.4: Asso:301703, Asso:301735, Asso:301765, Asso:301766, Asso:301812, Asso:301841, Asso:301855, Asso:301982. Chr.5: Asso:301733, Asso:301741, Asso:301743, Asso:301768, Asso:301789, Asso:301790, Asso:301808, Asso:301809, Asso:301865, Asso:301889, Asso:301892, Asso:301913, Asso:301950, Asso:301973. Chr.6: Asso:301680, Asso:301684, Asso:301695, Asso:301712, Asso:301719, Asso:301738, Asso:301749, Asso:301759, Asso:301862, Asso:301876, Asso:301879, Asso:301890, Asso:301924, Asso:301925. Chr.7: Asso:301720, Asso:301727, Asso:301773, Asso:301788, Asso:301863, Asso:301883, Asso:301884, Asso:301908, Asso:301923, Asso:301927, Asso:301928, Asso:301931, Asso:301951, Asso:301953, Asso:301956, Asso:302002. Chr.8: Asso:301693, Asso:301694, Asso:301707, Asso:301723, Asso:301725, Asso:301737, Asso:301745, Asso:301761, Asso:301770, Asso:301860, Asso:301871, Asso:301875, Asso:301918, Asso:301958, Asso:301959. Chr.9: Asso:301679, Asso:301681, Asso:301686, Asso:301701, Asso:301739, Asso:301754, Asso:301760, Asso:301907, Asso:301963. Chr.10: Asso:301700, Asso:301724, Asso:301729, Asso:301775, Asso:301814, Asso:301817, Asso:301848, Asso:301849, Asso:301850, Asso:301970. Chr.11: Asso:301705, Asso:301706, Asso:301845. Chr.12: Asso:301691, Asso:301711, Asso:301751, Asso:301904. Chr.13: Asso:301683, Asso:301688, Asso:301692, Asso:301697, Asso:301699, Asso:301708, Asso:301710, Asso:301714, Asso:301722, Asso:301746, Asso:301750, Asso:301752, Asso:301758, Asso:301763, Asso:301764, Asso:301793, Asso:301857, Asso:301938, Asso:301939, Asso:301980. Chr.14: Asso:301690, Asso:301717, Asso:301762, Asso:301769, Asso:301799, Asso:301802, Asso:301824, Asso:301831, Asso:301844, Asso:301846, Asso:301886, Asso:301900, Asso:301909, Asso:301922, Asso:301978, Asso:301981, Asso:301983, Asso:301984, Asso:301985, Asso:301986, Asso:302004, Asso:302005. Chr.15: Asso:301702, Asso:301704, Asso:301713, Asso:301721, Asso:301728, Asso:301744, Asso:301829, Asso:301830, Asso:301843, Asso:301852, Asso:301902, Asso:301903, Asso:301944. Chr.16: Asso:301698, Asso:301847, Asso:301930, Asso:301941. Chr.17: Asso:301756, Asso:301777, Asso:301781, Asso:301811, Asso:301880, Asso:301881, Asso:301946, Asso:301947, Asso:301948, Asso:301962, Asso:301964, Asso:301966, Asso:301974. Chr.18: Asso:301753, Asso:301868.
- QTL for Semen volume reported for chromosome(s):
Chr.6: Asso:301926. Chr.9: Asso:301772. Chr.10: Asso:301823. Chr.12: Asso:302001. Chr.15: Asso:301786.
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (65),
Chr.2 (31),
Chr.3 (19),
Chr.4 (11),
Chr.5 (26),
Chr.6 (24),
Chr.7 (25),
Chr.8 (26),
Chr.9 (16),
Chr.10 (17),
Chr.11 (5),
Chr.12 (7),
Chr.13 (33),
Chr.14 (38),
Chr.15 (25),
Chr.16 (9),
Chr.17 (17),
Chr.18 (3).
Number of gene-based eQTL/associations:
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