chromosome 2 100800 bytes allocated in orders_morecore 3024000 bytes allocated in morecore Option chosen: flips2 Current values for parameters: par_file = chr2.par dat_file = chr2.dat gen_file = chr2.gen ord_file = chr2.ord nb_our_alloc = 3000000 [# bytes reserved for our_alloc] SEX_EQ = 1 [0 = sex specific analysis, 1 = sex equal] TOL = 0.010000 PUK_NUM_ORDERS_TOL = 6 PK_NUM_ORDERS_TOL = 8 PUK_LIKE_TOL = 2.000 PK_LIKE_TOL = 2.000 use_ord_file = 0 write_ord_file = 0 use_haps = 1 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 0 CRYG1-5 2 CRYG1-5_2 4 CRYG1-5_3 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 1 D2S54 3 D2S54_2 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 24 D2S38_2 23 D2S38 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 40 D2S5_2 39 D2S5 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 42 D2S1_2 41 D2S1 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 44 TPO 45 TPO_2 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 54 APOB_2 53 APOB Haplotyped system (distances forced to 0.0): 64 D2S61_2 63 D2S61 Haplotyped system (distances forced to 0.0): 75 TGFA_3 73 TGFA_2 72 TGFA 76 TGFA_4 N.B. Only the first locus in each set is retained in the orders objects, but the remaining loci are used in all likelihood calculations. 21 D2S40 55 D2S51 61 LCT 68 D2S44 77 Prot_C/pcr 1 D2S54 49 LCO 20 D2S41 69 D2S43 10 D2S25 33 D2S62 24 D2S38_2 59 D2S45 26 D2S30 28 D2S31 40 D2S5_2 31 D2S28 66 D2S6 17 D2S19 70 D2S46 56 D2S48 54 APOB_2 50 D2S70 44 TPO 65 D2S47 42 D2S1_2 5 ACP1 number of loci to flip = 2 Original order, & its log10_likelihood, followed by flipped orders, with their relative log10_likelihoods (= log10_like[orig] - log10_like[curr]) 21 55 61 68 77 1 49 20 69 10 33 24 59 26 28 40 31 66 17 70 56 54 50 44 65 42 5 -1032.44 55 21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - 61 55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.64 - - 68 61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 8.50 - - - 77 68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - 1 77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.79 - - - - - 49 1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 7.53 - - - - - - 20 49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.20 - - - - - - - 69 20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.38 - - - - - - - - 10 69 - - - - - - - - - - - - - - - - - 28.83 - - - - - - - - - 33 10 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.60 - - - - - - - - - - 24 33 - - - - - - - - - - - - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - 59 24 - - - - - - - - - - - - - - 5.88 - - - - - - - - - - - - 26 59 - - - - - - - - - - - - - 5.96 - - - - - - - - - - - - - 28 26 - - - - - - - - - - - - 10.47 - - - - - - - - - - - - - - 40 28 - - - - - - - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - 31 40 - - - - - - - - - - 4.52 - - - - - - - - - - - - - - - - 66 31 - - - - - - - - - 20.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - 17 66 - - - - - - - - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 70 17 - - - - - - - 9.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56 70 - - - - - - 1.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 54 56 - - - - - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 50 54 - - - - 3.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 44 50 - - - 50.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 65 44 - - 4.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 42 65 - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5 42 4.97