chromosome 2
100800 bytes allocated in orders_morecore
3024000 bytes allocated in morecore
Option chosen: flips2
Current values for parameters:
par_file = chr2.par
dat_file = chr2.dat
gen_file = chr2.gen
ord_file = chr2.ord
nb_our_alloc = 3000000 [# bytes reserved for our_alloc]
SEX_EQ = 1 [0 = sex specific analysis, 1 = sex equal]
TOL = 0.010000
PUK_NUM_ORDERS_TOL = 6
PK_NUM_ORDERS_TOL = 8
PUK_LIKE_TOL = 2.000
PK_LIKE_TOL = 2.000
use_ord_file = 0
write_ord_file = 0
use_haps = 1
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
0 CRYG1-5 2 CRYG1-5_2 4 CRYG1-5_3
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
1 D2S54 3 D2S54_2
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
24 D2S38_2 23 D2S38
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
40 D2S5_2 39 D2S5
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
42 D2S1_2 41 D2S1
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
44 TPO 45 TPO_2
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
54 APOB_2 53 APOB
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
64 D2S61_2 63 D2S61
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
75 TGFA_3 73 TGFA_2 72 TGFA
76 TGFA_4
N.B. Only the first locus in each set is retained in the orders
objects, but the remaining loci are used in all likelihood calculations.
21 D2S40
55 D2S51
61 LCT
68 D2S44
77 Prot_C/pcr
1 D2S54
49 LCO
20 D2S41
69 D2S43
10 D2S25
33 D2S62
24 D2S38_2
59 D2S45
26 D2S30
28 D2S31
40 D2S5_2
31 D2S28
66 D2S6
17 D2S19
56 D2S48
70 D2S46
54 APOB_2
50 D2S70
44 TPO
65 D2S47
42 D2S1_2
5 ACP1
number of loci to flip = 2
Original order, & its log10_likelihood, followed by
flipped orders, with their relative log10_likelihoods
(= log10_like[orig] - log10_like[curr])
21 55 61 68 77 1 49 20 69 10 33 24 59 26 28 40 31 66 17 56 70 54 50 44 65 42 5 -1033.71
55 21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75
- 61 55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.64
- - 68 61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 8.50
- - - 77 68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.97
- - - - 1 77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.79
- - - - - 49 1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 7.54
- - - - - - 20 49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.20
- - - - - - - 69 20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.39
- - - - - - - - 10 69 - - - - - - - - - - - - - - - - - 28.82
- - - - - - - - - 33 10 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.61
- - - - - - - - - - 24 33 - - - - - - - - - - - - - - - 2.21
- - - - - - - - - - - 59 24 - - - - - - - - - - - - - - 5.89
- - - - - - - - - - - - 26 59 - - - - - - - - - - - - - 5.96
- - - - - - - - - - - - - 28 26 - - - - - - - - - - - - 10.51
- - - - - - - - - - - - - - 40 28 - - - - - - - - - - - 1.99
- - - - - - - - - - - - - - - 31 40 - - - - - - - - - - 4.53
- - - - - - - - - - - - - - - - 66 31 - - - - - - - - - 19.85
- - - - - - - - - - - - - - - - - 17 66 - - - - - - - - 2.21
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 56 17 - - - - - - - 9.05
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 70 56 - - - - - - -1.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 54 70 - - - - - 7.59
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 50 54 - - - - 5.13
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 44 50 - - - 47.94
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 65 44 - - 4.42
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 42 65 - 3.69
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5 42 4.95